Nelson Niño Vásquez realiza sus estudios de pregrado en el Instituto de Música de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso-Chile, obteniendo el grado de Licenciado en Ciencias y Artes Musicales y el título de Profesor de Educación Musical en 1993. Al año siguiente egresa del ciclo básico de oboe del Conservatorio de Música de la misma universidad.
En agosto de 1998 obtiene una beca de la Organización de Estados Americanos (OEA) para realizar estudios de postgrado en el extranjero, y en mayo del año 2000 obtiene el grado académico de Master of Music otorgado por The Catholic University of America, Washington DC, Estados Unidos, en el área de la interpretación musical (oboe), con concentración en música latinoamericana.
Entre los años 2000 y 2006 se desempeña como académico del Instituto de Música PUCV dictando las cátedras de Lectura Musical y Metodología de la Investigación y ocupando los cargos de Jefe de Extensión y Jefe de Investigación.
En agosto de 2006 obtiene una beca del gobierno de Chile que le permite continuar sus estudios de postgrado en The Catholic University of America, obteniendo el grado académico de Doctor en Musicología en enero de 2011.
Actualmente se desempeña como académico del Instituto de Música de la Pontificia Universidad Católica de Valparaíso, ocupando el cargo de Jefe de Investigación y dictando las cátedras de Historia de la Música y Lectura Musical.